Podatek u źródła u producenta leków

Jesteśmy Spółką z o.o. która jest dystrybutorem leków i wyrobów farmaceutycznych w Polsce . W dniu XXXX zawarła umowę dostawy oraz licencyjną z kontrahentem w XXXX.

Przedmiotem umowy jest :
- niewyłączna licencja bez prawa jej przeniesienia na inne podmioty na Dossier przygotowane przez Spółkę XXXX do celów XXXX.
- Spółka z o.o. z chwilą uzyskania Pozwolenia na dopuszczenie do obrotu na terytorium Polski będzie ponosiła całą odpowiedzialność prawną w zakresie farmaceutycznym związaną z promowaniem Produktu, wprowadzeniem do obrotu i jego sprzedażą.
- Spółka z o.o. zobowiązuje się do zachowania Spółki XXXX jako wyłącznego producenta leku. Spółka z o.o. będzie kupowała Produkt wyłącznie od Spółki XXXX w celu jego sprzedaży na terytorium Polski.
- prawa własności intelektualnej do Dossier pozostają i pozostaną własnością Spółki XXXX, a Spółka z o.o. ma prawo korzystać z Dossier tylko do celów XXXX.

Po podpisaniu Umowy przez obie strony Spółka XXXX przekazała Spółce z o.o. kopię Dossier rejestracyjnego. Spółka XXXX złożyła jednocześnie na naszą prośbę ( ze względu na znaczne przyspieszenie terminu) wniosek o wydanie pozwolenia na dopuszczenie do obrotu do organu administracyjnego (regulacyjnego) we własnym imieniu , wymieniając Polskę jako zainteresowane państwo członkowskie) . Wskutek tego posiadaczem udzielonego Pozwolenia będzie Spółka XXXX. Po uzyskaniu przez nich Pozwolenia , Spółka XXXX przeniesie wspomniane Pozwolenie na Spółkę z o.o., wskutek czego nowym posiadaczem Pozwolenia będzie Spółka mz o.o. w Polsce. Wszelkie opłaty należne krajowemu organowi regulacyjnemu, wydatki , podatki i koszty powstałe wskutek uzyskania przez Spółkę XXXX Pozwolenia, a następnie jego przekazania Spółce z o.o. będzie uiszczała Spółka z o.o. (…my).

Produkty będą sprzedawane i dystrybuowane pod naszymi znakami towarowymi wybranymi przez Spółkę z o.o. Spółka z o.o. zarejestruje te znaki i będzie utrzymywała jej ochronę na swój koszt.

GRATYFIKACJA FINANSOWA
a. Płatność i warunki płatności: XXXX
b. Spółka z o.o. jest zobowiązana także zapłacić kwotę XXX PLN tytułem opłat XXXX.

Faktura:
Spółka z o.o. otrzymała już pierwszą fakturę z datą XXXX , w której wymieniono w poszczególnych pozycjach : (tłumaczenie z XXX )
1. Różne ( w domyśle XXXX) XXX EUR
2. Różne – opłaty urzędowe za XXXX
3. Razem do zapłaty XXXX EUR
4. Ostatnia faktura na XXX EUR –dopiero po uzyskaniu XXXX.

PYTANIA:
1. Czy całość merytoryczna zawarta w umowie jest należnością licencyjną podlegającą podatkowi „ u źródła”, czy jedynie prawa licencyjne do dokumentacji wycenione w umowie na XXX EUR, natomiast pozostała kwota , która odzwierciedla zwrot opłat XXX nie jest należnością licencyjną?
2. Czy w związku z powyższym rozgraniczeniem wartość początkowa WNiP to licencja do dokumentacji , której wartość w umowie jest wyceniona na XXXX EUR, pozostała zaś część kosztów poniesiona na prawo do pozwolenia to koszt pośredni działalności?
3. W jakim dniu powinnam przyjąć WNiP do ksiąg – XXXX ?
4. Jaką wartość początkową powinnam przyjąć dla WNiP kiedy ostatnią fakturę na nabycie tej licencji otrzymam pod koniec roku ? Czy wartość z umowy tj. XXXX EUR przeliczone po kursie z ostatniego dnia roboczego przed dniem zawarcia umowy tj. XXXX będzie tu prawidłowa?
5. Jeżeli przyjmę , że zwrot Spółce XXXX wydatków na opłaty urzędowe na uzyskanie pozwolenia dopuszczenia do obrotu nie będzie podwyższać wartości początkowej WNiP , to przyjmuję, że obciążam koszty pośrednie działalności i rozliczam w dacie poniesienia ( fakturę otrzymaliśmy w dniu XXXX ) . Nie rozliczam jej też w czasie zgodnie z wyrokiem WSA W-Wa III SA/Wa 1550/09 ponieważ opłata ta związana z dopuszczeniem do obrotu produktu leczniczego jest za samo złożenie wniosku o wydanie pozwolenia, niezależnie od rezultatu. Taka opłata przypisana jest do wniosku a nie do pozwolenia i nie ma tu znaczenia , że pozwolenie wydawane jest na 5 lat. Nie ma też znaczenia, że poniosła je Spółka XXXX, bo jak wcześniej już zaznaczyłam jak tylko otrzyma ona to Pozwolenie przeniesie wspomniane Pozwolenia na nas co jest zagwarantowane w umowie. Spółka XXXX mogła to zrobić po prostu szybciej od nas , gdyby stało się inaczej zrobilibyśmy to osobiście i te koszty ponieślibyśmy niezależnie od nabycia praw do Dossier ale trwałoby to dłużej.
6. Czy w związku z powyższym tokiem rozumowania prawidłowo rozpoznaję, że późniejsze zrealizowane różnie kursowe nie będą wpływały na wartość początkową WNiP
7. Wszystkie moje powyższe zapytania wynikają z wątpliwości jakie zrodziły się w trakcie czytania rozbieżności w powyższej sprawie interpretacji indywidualnych organów podatkowych ( czyli Ministra Finansów) oraz wyroków WSA w Warszawie z różnych okresów ( wszystkie uchylają zaskarżone interpretacji ).

Proszę o wyrażenie Pana Stanowiska w opisanej sprawie.