Wynajem a firma, zależności PIT, VAT, i rozliczanie w małżeństwie

Mam do Pana następującą sprawę.

Z małżonką mamy wspólnotę majątkową. Żona od paru lat prowadzi działalność gospodarczą, choć od półtora roku w zasadzie tylko formalnie, bo obrót jest prawie zerowy (wcześniej prowadziliśmy serwis XXXX.pl - może Pan pamięta, bo kilka razy się w jego sprawie z panem konsultowałem, szczególnie pod koniec, gdy był on aportem wniesiony do spółki). Ale żona jest zarejestrowana jako płatnik VAT bez żadnych zwolnień. Z podatku dochodowego rozlicza się na zasadach ogólnych tj. bez podatku liniowego.

Od listopada XXXX roku wynajmujemy nieruchomość na cele usługowe (wcześniej też wynajmowaliśmy tylko był inny najemca, a potem paromiesięczna przerwa w wynajmie). Najemcą jest płatnik podatku VAT. W umowie najmu występuję zarówno ja jak i żona. Na początku roku XXXX złożyłem oświadczenie, że chcę podatek dochodowy rozliczać ryczałtem 8,5% i że tylko ja będę ten podatek rozliczał. W XXXX roku nie zmieniałem tego. Najemcy wystawiałem rachunek a nie fakturę.

Od XXXX roku chciałbym rozpocząć działalność gospodarczą z dochodowym podatkiem liniowym i standardowym podatkiem VAT (bez ulg, etc.). Jednocześnie chcielibyśmy zakończyć działalność gospodarczą mojej żony nie później niż XXXX.

Dzisiaj chciałem się dowiedzieć w jaki sposób mamy kontynuować rozliczanie tego wynajmu po tym jak rozpocznę działalność gospodarczą. Przy tej okazji dowiedziałem się, że zapewne wynajem do tej pory rozliczaliśmy niepoprawnie. Bo podobno, od stycznia tego roku zmieniło się przepisy dotyczące VAT, co skutkuje tym, że ten kto w umowie jest wynajmującym musi wystawiać fakturę VAT. Czyli powinienem to robić zarówno jak jak i moja żona. Ja mógłym zapewne wystawiać fakturę VAT bez naliczonego VATu (bo nie przekraczam limitu przychodu 150 000), ale moja żona powina już naliczyć VAT, bo jest stanardowym płatnikiem VAT.

Pytania:
1) Czy faktycznie niepoprawnie rozliczaliśmy do tej pory najem?
2) Czy problem z rozliczniem najmu pojawił się dopiero w XXXX roku, czy wcześniej opisany sposób też był niepoprawny?
3) Jak można sprawę tego wynajmu wyczyścić w sposób zupełnie zgodny z prawem?
4) Zapewne pkt. 3 będzie wymagał naliczenia przez moją żonę zaległego VATu. Czy możemy sprawę wyczyścić w trochę mniej XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX?
5) Czy po rozpoczęciu działalności gospodarczej przeze mnie 1 września jest możliwy jakiś sposób, aby dalej nie naliczać najmującemu VATu? Np. z dniem XXXX kończymy obecną umową i z dniem 1 września podpisujemy nową, gdzie stroną jest tylko moja żona. Pytanie czy fakt, że żona wcześniej była płatnikiem VAT ma tu jakieś znaczenie i czy fakt, że to ja mam rozliczać się ryczałtem z podatku dochodowego jest jakąś przeszkodą? (deklaracji tej nie możemy zmienic do końca roku).
6) Czy po rozpoczęciu działalności gospodarczej moge dalej rozliczać się z przychodu z najmu ryczałtem?