Ocena skomplikowanej sytuacji podatkowej w spółce cywilnej

Zwracam się z prośbą o udzielenie porady podatkowej w formie telefonicznej i przedstawienie w jaki sposób uniknąć ewentualnych negatywnych konsekwencji w podatku od osób fizycznych i podatku Vat w związku z działalnością w ramach spółki cywilnej. Poniżej przedstawiam opis sytuacji.

Opis sytuacji

1. Dnia XXXX r. zakupiłem udział ½ w nieruchomości zabudowanej od Gminy XXXX. Do aktu wystawiono fakturę gdzie wpisano, że sprzedaż ta jest zwolniona z Vat. Zakupu dokonałem z majątku osobistego. Pozostałą część ½ nieruchomości zakupił znajomy Pan XXXX.
2. Dnia XXXX r. wraz z XXXX podpisaliśmy umowę spółki cywilnej, gdzie jako strony tej umowy wystąpiliśmy jako osoby fizyczne prowadzące odrębne działalności gospodarcze. Jednocześnie oświadczyliśmy jako wspólnicy, że jesteśmy współwłaścicielami po ½ części zakupionej wcześniej nieruchomości. Nieruchomości tej nie wprowadziliśmy do majątku wspólnego wspólników spółki cywilnej. Oświadczyliśmy, że w ramach spółki cywilnej podejmujemy się przygotowania i przeprowadzenia w imieniu współwłaścicieli nieruchomości inwestycji budynku XXXX a po wybudowaniu tego obiektu zarządzania nim.
3. Celem spółki było wspólne działanie wspólników. Zapisaliśmy, że przedsiębiorcami w rozumieniu art.4 ust.2 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej będą wspólnicy prowadzący działalność gospodarczą a nie spółka. Wspólnicy zobowiązali się, że będą wnosić środki finansowe na przygotowanie i realizację inwestycji.
4. W XXXX r. i XXXX r. w ramach spółki ponieśliśmy nakłady na przygotowanie inwestycji (głównie projekt) i uzyskaliśmy pozwolenie na budowę – razem ok. XXXX zł netto. Źródłem finansowania tych nakładów były środki własne wspólników. Nakłady te były traktowane w ewidencji księgowej jako rozpoczęta inwestycja czyli nie były traktowane jako koszty bieżącej działalności.
5. Spółka występowała i uzyskiwała zwrot podatku Vat. Prowadziliśmy pełną księgowość a nie KPiR.
6. Na jesieni XXXX r. stwierdziliśmy, że nie ma odpowiedniej koniunktury rynkowej na tego typu obiekty(pokoje na wynajem). Ponadto nie otrzymaliśmy dotacji na przedmiotową inwestycję i w związku z tym postanowiliśmy o jej zaniechaniu.
7. Dnia XXXX r. za wiedzą i zgodą wspólnika Pana XXXX podpisałem umowę warunkową sprzedaży ½ udziału w nieruchomości wraz z projektem budynku i pozwoleniem na budowę (warunkiem było nie skorzystanie przez Gminę z prawa pierwokupu).
8. W umowie nie wyróżniłem jaką wartość ma nieruchomość a jaką projekt z pozwoleniem na budowę.. W umowie podałem oprócz nazwiska swój Pesel, NIP oraz adres zamieszkania.
9. Nie zaznaczyłem, że jest to sprzedaż w ramach działalności gospodarczej. Traktowałem to jako majątek wycofany z działalności gospodarczej.
10. Dnia XXXX r. podpisałem umowę przenoszącą własność ½ udziału w nieruchomości wraz z projektem i z pozwoleniem na budowę.
11. Nie XXXX.
12. Cena sprzedaży była o XXXX zł wyższa niż zakup ½ udziału w nieruchomości w XXXX r.
13. Biorąc pod uwagę, że 50% nakładów netto na przygotowanie inwestycji (głównie projekt) to kwota XXXX zł netto to z tytułu tej transakcji poniosłem stratę ok. XXXX zł.
14. W związku ze sprzedażą mojej części nieruchomości i w związku z tym, że wspólnik większość czasu przebywał za granicą a jednocześnie odpowiadał za bezpośredni kontakt z biurem rachunkowym prowadzącym księgi rachunkowe spółki uzgodniliśmy, że zgłaszamy do US zawieszenie działalności. Mimo tego biuro rachunkowe na bieżąco (aż do obecnej chwili ) składało zerowe deklaracje Vat.O tym dowiedziałem się ok. 3 tygodnie temu.
15. Za XXXX r. spółka złożyła do US sprawozdanie finansowe ( do tego gdzie rozliczano się z podatku Vat) gdzie wykazano, że spółka jako całość dysponuję majątkiem wspólnym na kwotę równowartą poniesionym nakładom na przygotowanie inwestycji (ok. XXXX zł). O tym dowiedziałem się też ok. 3 tyg. temu.
16. Dnia XXXX r. zawiesiłem swoją działalność gospodarczą jako osoba fizyczna .Deklaracje Vat spółki były jednak dalej składane. Wspólnik J.K. nadal prowadzi nieprzerwanie swoją działalność gospodarczą lecz nie w zakresie budowy obiektu XXXX
17. Za XXXX r. złożyłem Pit 36 gdzie załączyłem Pit/B uzyskany ze spółki cywilnej. Wykazano w nim zerowy przychód, zerowe koszty i zerowy dochód do opodatkowania (faktycznie XXXX).
18. Dysponujemy spisem majątku spółki na XXXX r. (data podpisania umowy warunkowej) i na dzień umowy przenoszącej własność ½ udziału w nieruchomości wraz z projektem i pozwoleniem na budowę. Spisy te nie zostały złożone do US. Stan majątkowy spółki jako całości został przedstawiony w sprawozdaniach finansowych za XXXX r. i za XXXX r.)